Face au projet de supervision du système de certification de l’UE, Paris et Berlin se sentent menacés. Les deux pays disposent déjà d’une stratégie efficace en ce qui concerne la cybersécurité. Guillaume Poupard et Arne Schönebohm estiment que l’ENISA n’a pas les compétences nécessaires pour assurer ce rôle. Selon eux, l'ANSSI et le BSI s’occupent déjà des atteintes à la cybersécurité. Les deux pays demandent un niveau supplémentaire de contrôle.
Guillaume Poupard a souligné « Nous savons comment faire, nous avons l’expérience, nous la développons depuis 20 ans ». Il ajoute « Nous voulons un système au niveau européen mais celui-ci ne doit pas essayer de faire des États membres européens des acteurs de second plan ». Il qualifie même d’énorme perte de temps pour l’Europe, si ce projet est concrétisé. Guillaume Poupard affirme même que le projet échouera. Il explique sa position en annonçant : « nous n’étions pas très contents de la proposition, car elle ne répond pas à toutes les questions et qu’elle est beaucoup moins efficace ».
La Commission européenne de son côté estime que cette ferme opposition de la France et de l’Allemagne ne fait que retarder encore plus la transition vers une certification européenne de la cybersécurité. A cela, Guillaume Poupard répond « Nous devons nous pencher sur le développement de notre autonomie numérique, plus que sur la souveraineté ou l’utilisation des données ». Faisant partie du JEDI, une entité oeuvrant pour le développement de technologies de pointe, Guillaume Poupard est toutefois d’accord avec la mise en place d’une messagerie sécurisée du gouvernement français.